Theo cáo trạng, từ năm 2021 đến 2024, Nguyễn Năng Mạnh - cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty MediUSA, Giám đốc Công ty MegaPhaco và Phó Giám đốc Công ty MediPhar - cùng các cổ đông sáng lập bị cáo buộc chỉ đạo lập hai hệ thống sổ sách kế toán nhằm che giấu doanh thu, trốn thuế. Tổng doanh thu thực tế của 4 công ty trong hệ thống là hơn 2.155 tỷ đồng, nhưng doanh thu kê khai thuế chỉ hơn 363 tỷ đồng. Số tiền hơn 1.792 tỷ đồng bị để ngoài sổ sách, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 304 tỷ đồng tiền thuế; sau khi trừ giá trị hàng giả, thiệt hại còn hơn 143 tỷ đồng.
Hai hệ thống sổ sách và số liệu trốn thuế
Các bị cáo sử dụng phần mềm Fast để quản lý song song hai hệ thống: một hệ thống nội bộ phản ánh toàn bộ doanh thu, bao gồm hàng gia công; hệ thống thứ hai chỉ phản ánh doanh thu có xuất hóa đơn, phục vụ báo cáo thuế. Phần doanh thu không xuất hóa đơn chủ yếu đến từ khách hàng không yêu cầu, được chuyển vào tài khoản cá nhân của nhân viên và do thủ quỹ Lê Thị Toan quản lý tiền mặt.
Lời khai của kế toán Phạm Thị Hường
Phạm Thị Hường, người phụ trách kế toán tại 4 công ty, khai được Mạnh tuyển dụng qua Facebook từ đầu năm 2021 làm kế toán tổng hợp. Dù không chính thức là Kế toán trưởng, Hường thực tế phụ trách chung. Cô thừa nhận đã lập hai hệ thống sổ sách theo chỉ đạo của Mạnh, với quyền truy cập và biết rõ sự tồn tại của cả hai. Hường quản lý kế toán thuế, trong khi Toàn và kế toán nhà máy quản lý hệ thống nội bộ. Hường xác nhận số tiền thất thoát thuế trong kết luận điều tra là chính xác, và cho biết mức lương của mình từ 18-20 triệu đồng/tháng, không được hưởng lợi từ hành vi này. Trong quá trình điều tra, Hường đã đồng ý để chồng nộp một phần tiền khắc phục hậu quả.
Nguyễn Năng Mạnh thừa nhận việc lập hai hệ thống
Tại phiên tòa, Nguyễn Năng Mạnh thừa nhận lập hai hệ thống sổ sách nhằm phân biệt doanh thu có hóa đơn và không hóa đơn. Khi Hội đồng xét xử hỏi về mục đích giấu doanh thu, Mạnh xác nhận hệ thống nội bộ được lập để không kê khai với cơ quan thuế. Mạnh khai doanh thu có hóa đơn được chuyển vào tài khoản công ty, còn doanh thu không báo cáo thuế được chuyển vào tài khoản cá nhân nhân viên, sau đó thủ quỹ rút tiền. Hường là đầu mối báo cáo kết quả hai hệ thống cho Mạnh, còn Toan báo cáo tiền mặt thực tế. Mạnh cũng xác nhận việc lập hai hệ thống để trốn thuế đã được trao đổi, thống nhất với Đỗ Mạnh Hoàng và Khúc Minh Vũ.
