Luật Quản lý thuế năm 2025 (Luật số 108/2025/QH15) chính thức có hiệu lực từ ngày 1/7, mang đến nhiều thay đổi trong quản lý thuế, tăng cường kỷ cương tài chính và minh bạch hóa nghĩa vụ thuế. Một trong những nội dung đáng chú ý là quy định về các trường hợp cơ quan thuế thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.
9 trường hợp kiểm tra tại trụ sở
Theo Khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế năm 2025, cơ quan thuế được thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong 9 trường hợp cụ thể. Đầu tiên, cơ quan thuế sẽ kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế và hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với các trường hợp được hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro. Việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
Thứ hai, cơ quan thuế được kiểm tra khi phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế. Thứ ba, kiểm tra khi người nộp thuế thuộc diện được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề kiểm tra. Thứ tư, hoạt động kiểm tra được thực hiện theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền theo quy định.
Kiểm tra đối với doanh nghiệp tái cấu trúc và rủi ro cao
Đối với nhóm người nộp thuế có mức độ rủi ro cao, cơ quan thuế được kiểm tra khi doanh nghiệp thực hiện các hoạt động như chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, cổ phần hóa, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh. Đây là trường hợp thứ năm.
Thứ sáu, cơ quan thuế được kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong trường hợp hồ sơ khai thuế cần được làm rõ theo quy định tại Điểm b Khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế năm 2025. Thứ bảy, hoạt động kiểm tra được thực hiện khi phục vụ công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
Kiểm tra miễn, giảm thuế và quyền của người nộp thuế
Ngoài các trường hợp nêu trên, cơ quan thuế còn được kiểm tra đối với hồ sơ miễn thuế, giảm thuế hoặc không thu thuế của người nộp thuế được đánh giá có mức độ rủi ro cao nhằm bảo đảm việc áp dụng chính sách thuế đúng quy định. Đây là trường hợp thứ tám. Trường hợp thứ chín là kiểm tra theo các quy định khác của pháp luật.
Theo quy định, người nộp thuế có quyền giải trình các vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra và bảo lưu ý kiến của mình; khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định; tố cáo hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình kiểm tra thuế và thực hiện các quyền khác theo quy định về kiểm tra chuyên ngành. Cơ quan thuế cho biết việc nắm rõ và tuân thủ đúng các quy định giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của mình, chủ động phòng ngừa rủi ro pháp lý và nâng cao tính tuân thủ trong thực hiện nghĩa vụ thuế. Trường hợp phát sinh vướng mắc, người nộp thuế được khuyến nghị liên hệ trực tiếp cơ quan thuế quản lý để được hướng dẫn, giải đáp kịp thời.
Thay đổi thời hạn khai bổ sung từ 1/7
Một số thay đổi liên quan thời hạn kê khai thuế bổ sung được áp dụng từ 1/7 mà doanh nghiệp, hộ kinh doanh cần lưu ý. Theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế năm 2019, người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót. Trong khi đó, từ ngày 1/7, người nộp thuế chỉ được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 5 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót.
Theo quy định, người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra. Việc khai bổ sung cũng được thực hiện đối với hồ sơ khai thuế không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra hoặc khoản thu khác được nêu trong quyết định thanh tra, kiểm tra; đồng thời không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu không được khai bổ sung để phục vụ điều tra vụ án.
Ngoài ra, người nộp thuế được khai bổ sung khi phát hiện hồ sơ đã nộp còn sai sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã được thanh tra, kiểm tra làm tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế được miễn, giảm, hoàn, giảm số thuế được khấu trừ hoặc giảm số thuế nộp thừa thì được bổ sung hồ sơ và giải trình với cơ quan thuế. Việc khai bổ sung cũng được thực hiện theo kết luận hoặc quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.
Cơ quan thuế khuyến nghị doanh nghiệp, hộ kinh doanh và các đối tượng nộp thuế chủ động rà soát hồ sơ, chứng từ, sổ sách kế toán và dữ liệu khai thuế định kỳ. Việc Luật rút ngắn thời hạn khai bổ sung từ 10 năm xuống còn 5 năm đòi hỏi người nộp thuế phải kịp thời phát hiện, điều chỉnh các sai sót phát sinh, qua đó bảo đảm quyền lợi của mình, đồng thời hạn chế nguy cơ bị xử phạt vi phạm hành chính và phát sinh các nghĩa vụ tài chính.
