Theo Viện Kiểm sát, hành vi của các bị cáo là nguy hiểm cho xã hội, làm giảm lòng tin của quần chúng nhân dân vào các cơ quan, tổ chức xã hội. Hành vi diễn ra trong thời gian dài với sự cấu kết của nhiều lãnh đạo quản lý trong lĩnh vực quản lý Nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật về an toàn thực phẩm. Một số cán bộ, chuyên viên và cá nhân, doanh nghiệp vì tư lợi cá nhân đã thực hiện sai phạm, gây ảnh hưởng xấu, tác động đến các sản phẩm thực phẩm không bảo đảm chất lượng, không rõ nguồn gốc xuất xứ lưu thông trên thị trường, đe dọa tính mạng và sức khỏe người tiêu dùng.
Đại diện Viện Kiểm sát nhấn mạnh: "Do vậy, cần phải có mức hình phạt nghiêm khắc đối với các bị cáo để răn đe và phòng ngừa chung". Tuy nhiên, khi xét xử, Hội đồng xét xử cũng đã xem xét các tình tiết giảm nhẹ, đánh giá vai trò của từng bị cáo, tính chất hành vi phạm tội, số tiền hưởng lợi cũng như các tình tiết giảm nhẹ mới. Các bị cáo có nhiều tình tiết giảm nhẹ mới và hậu quả vụ án đã được khắc phục. Họ có nhân thân tốt, phạm tội lần đầu, thành khẩn khai báo, tích cực hợp tác điều tra.
Viện Kiểm sát đề nghị tòa phúc thẩm giảm án cho bị cáo Nguyễn Thanh Phong từ 4-5 năm tù (mức án sơ thẩm 20 năm), bị cáo Trần Việt Nga 2-3 năm tù (mức án sơ thẩm 15 năm) cùng về tội "Nhận hối lộ". Các bị cáo còn lại, Viện Kiểm sát đề nghị cho hưởng án treo hoặc giảm 3-4 năm tù. Đối với bị cáo Lê Hoàng, cựu Cục phó Cục Phòng bệnh, Bộ Y tế, chồng của bị cáo Nga, được đề nghị giảm từ 1-2 năm tù (mức án sơ thẩm 5 năm tù). Với các bị cáo còn lại, mức án thấp nhất là án phạt tù nhưng cho hưởng án treo, cao nhất là giảm 3-4 năm tù. Do hậu quả vụ án đã khắc phục toàn bộ, Viện Kiểm sát còn đề nghị giảm 3-4 tháng tù cho 8 bị cáo không có kháng cáo.
